富士市では、大多数の児童・生徒が学区内の公立小学校、中学校に通学しています。
市内には、小学校が27校、中学校が16校あり、基本的に通学手段は徒歩です。郊外の小学校では児童数が少ないところもありますが、市街地の小学校は各学年3~4クラス位のところが多いです。
中学校は、小学校2校が合わさるところが多く、市街地の中学校は各学年6~7クラス位のところが多いです。
高校は、市内に県立4校、市立1校、私立1校の計6校があります。市内には、難関大学合格者を毎年多数輩出している進学校もあります。また、JR東海道線や身延線を利用して、近隣市の高校へ進学する方もいます。
市内には大学がありません。県内の大学であれば自宅から通う人もいますが、県外の大学に進学して下宿生活をする方が多いです。